Driften af en common rail-injektor kan opdeles i følgende trin:
Påfyldningstrin: Brændstof med-højt tryk strømmer fra common rail ind i injektorens kontrolkammer, skubber nåleventilen opad og komprimerer returfjederen; på dette tidspunkt forbliver dyseåbningerne lukkede.
Før-indsprøjtningstrin: ECU'en udsender et kort pulssignal, der aktiverer magnetventilen. Brændstof i kontrolkammeret aftager trykket ved at strømme gennem returpassagen, hvilket får nåleventilen til at falde hurtigt ned under kraften fra returfjederen. En lille mængde brændstof (ca. 1-3 mm³) sprøjtes ind i cylinderen over en meget kort varighed (0,1-0,3 ms), hvilket skaber en "pilottænding", der for-forvarmer cylinderen og etablerer gunstige forhold for hovedindsprøjtningen.
Hovedindsprøjtningstrin: ECU'en forlænger magnetventilens aktiveringsvarighed, hvilket får trykket i kontrolkammeret til at fortsætte med at falde. Nåleventilen åbner helt, og en stor mængde brændstof (spænder fra ti til hundreder af mm³, afhængigt af driftsforhold) sprøjtes ind i cylinderen ved højt tryk (over 200 MPa), hvilket danner en ensartet forstøvet brændstofspray, der blandes grundigt med luften til forbrænding.
Post-indsprøjtningsstadiet: Efter afslutningen af hovedindsprøjtningen udsender ECU'en endnu et kort impulssignal for at udføre en forsinket indsprøjtning af en lille mængde brændstof. Dette tjener til at reducere udstødningsgastemperaturerne (f.eks. for EGR-systemer) eller til at lette oxidationen af partikler (f.eks. til DPF-regenerering).
